Matthias Hermann studierte in Stuttgart Schulmusik, Germanistik und Dirigieren. Er unterrichtet an der HMDK Stuttgart, seit 1991 als Professor für Musiktheorie. Er ist Schüler von Helmut Lachenmann, mit dem ihn langjährige Zusammenarbeit und Freundschaft verbindet. Er engagiert sich seit vielen Jahren für die Entwicklung künstlerischer Forschung an europäischen Musikhochschulen.
In seinen Publikationen befasst er sich insbesondere mit den Komponisten Pierre Boulez, Morton Feldman, Beat Furrer, György Kurtág, Helmut Lachenmann und Luigi Nono.
Als Gastdirigent arbeitete u.a. beim Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks sowie an den Opernhäusern in Zürich, Frankfurt und Berlin.