Jussef Eisa studierte bei Prof. Hans-Dietrich Klaus und Prof. Thomas Lindhorst an der HfM Detmold. Er war Mitglied in der Orchesterakademie der Bayerischen Staatsoper und wurde vom Orchester anschließend ein Jahr lang als stellvertretender Solo-Klarinettist engagiert. Die gleiche Position hatte er an der Berliner Staatsoper Unter den Linden inne. Neben internationalen Auftritten mit dem West-Eastern Divan Orchestra unter der Leitung von Daniel Barenboim spielt Jussef Eisa regelmäßig im Boulez Ensemble, beim NDR Elbphilharmonie Orchester, der Deutschen Kammerphilharmonie Bremen oder dem hr-Sinfonieorchester.
Seit der Spielzeit 2022/23 ist Jussef Eisa festes Mitglied der NDR Radiophilharmonie Hannover.